Alcune di queste abbazie che sopravvissero sia alle invasioni dei popoli barbari provenienti dall'Europa centrale, che alle incursioni saracene decisero di fortificarsi come i castelli, aumentando la loro autonomia e il controllo territoriale degli spazi da loro gestiti ed amministrati.     Questi rafforzamenti porteranno ad una maggiore influenza su di esse dei Signori locali e dei Vescovi, cosa che creando malcontento nei religiosi porterà nel 909 alla "Regola Cluniacense" in  cui si decise di riportare il controllo diretto dei possedimenti al Priorato, ma sempre sottomesso al Potere Centrale.
     Poi nel 1098, fondato da San ROBERTO di Molesme(1028-1111), nasce in Francia l'Ordine Cistercense che invece vuole riaffermare l'autonomia di ogni Convento e propugna la sacralità del lavoro manuale (come S. Benedetto) in contrapposizione al lusso Cluniacense.     Una delle prime abbazie italiane e la prima in Liguria fondata dai monaci Cistercensi, provenienti dal monastero di La Fertè in Borgogna, fu nel 1120 l'Abbazia di Santa Maria alla Croce de "Civitacula" su una piana alluvionale delle rive del torrente Orba, ed ora comunemente chiamata Badia di TIGLIETO.
        In questi periodi evolutivi i Monaci, quando a volte non coltivavano direttamente la terra che possedevano(donata o assegnata) ma la davano in affitto a contadini o laici con voti, avevano nei loro Monasteri spesso dei laboratori dove lavoravano il ferro e il cuoio, oppure con "stilo e tavoletta" trascrivevano o copiavano testi antichi, che avevano raccolto e conservato, creando delle estese biblioteche.
     Ad esempio nella Abbazia di MONTECASSINO, fondata nel 529, esistevano più di 120.000 opere tra codici ed antichi manoscritti.
     Per quanto riguarda Genova, sul finire del V secolo, vi sono molti monasteri vicino alla città.     Ne sono stati riscontrati a RECCO (la romana Ricina), a PORTOFINO (Portus  Delphini), e al valico della RUTA, tutti che presumibilmente applicavano il primo MONACHESIMO, quello di tipo orientale (egizio-turco-assiro) che precedette il MONACHESIMO di tipo Benedettino.     Tracce di monasteri sono state rinvenute anche a ponente sulle isole di GALLINARA e BERGEGGI ed a levante a PORTOVENERE e nelle isole del TINO e del TINETTO.
     In Genova città le prime notizie di un Monastero vengono attribuite, da alcuni studiosi, a San VITTORE e SABINA (presso la Darsena), costruita dai Vittorini di MARSIGLIA.     Altre chiese molto antiche, di probabile origine monastica, sono i XII APOSTOLI (ora chiesa di San SIRO), allora fuori le mura cittadine, e SS. NAZARIO e CELSO (ora tra S.Maria di Castello e piazza Cavour).

     Come diceva il motto benedettino il lavoro si doveva alternare alla preghiera, e la trasgressione alla regola era punita severamente, a volte anche con punizioni fisiche (frustate) e prigione nei casi più gravi.
     In una società in cui la fede aveva un valore unico e fondamentale, tutto ciò che era "diverso" e non comprensibile, per una forma di autoprotezione, veniva colpito spesso con  accanimento, e non dimentichiamo che la scolarizzazione era bassissima e praticamente inesistente nel popolo.     Nasce in questo periodo la cosiddetta "Caccia alle Streghe", che con l'impegno dell'Inquisizione arriverà purtroppo sino alla pena del rogo.     Anche certe deformità o malattie inspiegabili venivano attribuite alle "Forze del Male" o del "Peccato", così lebbrosi, sordi, zoppi, omosessuali, epilettici e pazzi venivano guardati con sospetto.     Anche vagabondi, criminali, mendicanti, girovaghi ed attori non erano esenti da strani pensieri.     A volte poi quando il sospetto si concretizzava, dopo ore di atroci torture all'interno delle prigioni, nella confessione, tutto spesso si concludeva nelle piazze sulla pira del rogo.     E chi non seguiva le "Regole" sia politiche (Ordine Costituito) che religiose, poteva essere esiliato o scomunicato, cioè messo fuori dalla considerazione sociale e dalla religione del gruppo in cui aveva fino ad allora vissuto.
     Nonostante questi periodi di incertezza e di forte insofferenza ed intolleranza alla diversità, questa fu anche un'epoca di forti ideologie e di grandi vocazioni con importanti santi, come ad esempio San FRANCESCO(1181-1226) che predicava la povertà (avendo lasciato egli stesso come esempio una sua ricca precedente posizione sociale), e che con il suo Ordine testimoniò non solo un ideale ascetico e mistico, ma anche intenti missionari per la diffusione della religione Cristiana.

     Il declino del Monachesimo fu poi segnato dalla Riforma, con la soppressione dei Monasteri nei paesi Protestanti, e la fondazione nella Chiesa Cattolica di nuovi ordini religiosi (es. Gesuiti) in cui si ebbe una più attiva partecipazione alla vita civile ed ecclesiastica.     Unica ripresa si ebbe nell'Ottocento dopo la Restaurazione, specie nell'Ordine Benedettino, tuttora fiorente.